Возникновение села Ильинско-Подомское связывают с миссионерской деятельностью Стефана Пермского. По новому летоисчислению, в 1379г. Иеромонах Стефан, уроженец Великого Устюга, по прозванию Храп (Стефан Пермский), прошёл через Пырос (Котлас) на Виледь и крестил жителей святой вере. В 1379г. Стефан основал на Виледи Ильинский, Никольский, Покровский приходы. Эта дата является наиболее достоверной, с которой связывают основание села.
В Ильинском приходе в XV—XVI вв. было наиболее крупное владение именитых людей Строгановых, где строились суда для перевозки соли и других товаров. По распоряжению Строгановых был построен искусственный холм (городище), который хорошо сохранился до наших дней. От него и пошло название речки Горожанки.
В XVI—XVII вв. Ильинск представлял собой городок-крепость, он стоял на Великом санном пути из Москвы в Сибирь и обеспечивал безопасность на этом пути.
Название Ильинско-Подомское село получило в XIX веке. Двойное название села возникло в связи с тем, что на правом берегу речки Горожанки располагались строения, связанные с приходом Ильинским, а вся земская сторона находилась на левом берегу Горожанки и прилегала к деревне Подомо.